U svojoj organizacionoj strukturi, Ekonomski institut Sarajevo raspolaže bogatim iskustvom i timom eksperata koji mogu dati odgovor na kompleksne projektne zadatke. Timovi su grupisani na sljedeći način:
Tim za privredni rast, ekonomsku politiku i konvergenciju
Tim za privredni rast, ekonomsku politiku i konvergenciju posebno obrađuje sljedeće istraživačke teme: dugoročni privredni rast, sektorske analize i politike, makroekonomska konvergencija, finansijsko tržište, institucionalna ekonomika, međunarodna razmjena i konkurentnost, monetarna politika i konvergencija, makroekonomska statistika i nacionalni računi.
Tim za regionalnu ekonomiku, održivost i razvojno upravljanje
Tim za regionalnu ekonomiku, održivost i razvojno upravljanje posebno se bavi sljedećim temama: lokalna i regionalna ekonomska analiza, strateško planiranje i upravljanje lokalnim i regionalnim razvojem, socio-ekonomski aspekti prostornog planiranja, ekološka ekonomika i ekonomika okoliša, upravljanje prirodnim resursima i politika zaštite okoliša, urbana ekonomika i politika.
Tim za javne finansije
Tim za javne finansije posebno obrađuje sljedeće istraživačke teme: fiskalna politika, sistem poreza i doprinosa, finansiranje pojedinih djelatnosti.
Tim za industrijsku ekonomiku, inovacije i poduzetništvo
Obrađuje slijedeće teme: poduzetništvo, vlasništvo i upravljanje, industrijska ekonomika, tehnološku strategiju i upravljanje inovacijama, razvoj i marketing novih proizvoda, patentiranje i intelektualno vlasništvo, razvoj privrednih subjekata, strateško i poslovno planiranje i odlučivanje, finansijsko tržište i finansijsko upravljanje, društveno odgovorno ponašanje i odlučivanje.
Tim za tržište rada, ljudske potencijale i socijalna pitanja
Glavni fokus je na sljedeće teme: kretanja na tržištu rada i politike tržište rada, radni uslovi, politika plaća i raspodjele dohodaka, troškovi i produktivnost rada, posljedice demografskih promjena i migracija, društveni kapital i institucije, upravljanje ljudskim potencijalima i promjenama unutar organizacija, socijalna sigurnost i politika socijalne zaštite, siromaštvo i socijalna isključenost.
Tim za istraživanje u oblasti turizma
Tim za istraživanje u oblasti turizma realizira projekte izrade studija i strategija iz područja turizma za općine, ministarstva, vlade svih nivoa, turističke zajednice, međunarodne organizacije i slično. Navedeni tim također izrađuje strateške i marketing planove, poslovne planove, planove razvoja i slično za privredne subjekte koji posluju u području turizma – hoteli, turističke agencije, turistički centri i slično.